2つの赤信号を連続で通過してしまい、2つ青切符をもらいました、

2つの赤信号を連続で通過してしまい、2つ青切符をもらいました、それから1ヶ月後に免許センターに現在の違反点数を電話で問い合わせしたところ、女性の方が出て免許番号を聞かれ、
1箇所での違反点数2点のみ累積されていると言われ、今まで無事故無違反なので3ヶ月違反しなかったら消えますと言われました。自分がそんなはずないのでもう一度確認してほしいというと、また、やっぱり2点のみですと言われ、次は男性に電話がかわり、急に「何点追加されてるとおもう？」とキレ気味で聞かれ、4点ですと答えるとそうだとおもうよ。と返答されました。
自分も4点だと思いますがこんないい加減なのでしょうか。

2点で正解ですよ。
同時に犯した違反がある場合、最大点数のもののみを累積計上する運用です。このことは道交法施行令に明記されています。質問者さんのように「連続して2つの信号無視をした」場合は、本来は同時の違反ではないのですが、摘発が同時であれば、運用上は同時として処理されます。「そんなはずない」なんてことはないんです。
よって、刑事処分としては2件の違反なので切符が2枚切られます(1枚しか切らないこともあります)が、違反歴としてはどちらか一方しか計上されず、3か月ルールについても適用される余地があります。
警察官もそのあたりは詳しくない人が多いので、いい加減な回答が出る可能性はあります。しかしおそらくですが、最初の女性の担当者は、免許証番号を元に端末を照会し、出てきた結果を元に回答しているだけでしょう。そして、質問者さんが理不尽に「そんなはずないのでもう一度確認してほしい」などとクレームをつけてきたので、クレーマーと認識され、別のクレーム担当の男性職員に代わり、話の通じない人間だとして「適当にあしらわれた」のだと思います。