将来公務員になりたいのですが、免許はAT限定でも大丈夫でしょうか？それと

将来公務員になりたいのですが、免許はAT限定でも大丈夫でしょうか？
それともMTを持っていた方が良いでしょうか？

車を使用しない職種なら、運転免許がなても構いません。
普通自動車しか運転しない職種なら、AT限定で困る事はないでしょう。
ゴミ収集車など準中型自動車以上を運転する職種なら、AT限定では就くことはできません。
公務員であろうがなかろうが、同じです。

というか・・・そういう事考えるの虚しくない？

MT持っとけば
ATもMTも乗れる一石二鳥や
(´▽`) '` '` '`

公務員といってもいってもいろいろありますからねぇ。