運転免許にAT限定とMTも運転出来る免許がありますが、それぞれ免許取得後のメリ

運転免許にAT限定とMTも運転出来る免許がありますが、それぞれ免許取得後のメリットデメリットは何がありますか？

AT限定は2ペダル車しか運転出来ないけど
限定なしだと3ペダル車が運転出来る。
現実問題として新車の売れ筋モデルにMT設定あるのは
トヨタとマツダくらい、それ以外は暴走モデルしかMT選べないので
限定なし免許に有難みないです。

普通自動車免許は国家資格です。AT限定の普通自動車免許は普通自動車免許の下位の「条件付き」の免許です。
他の例で言うと、上位の一級建築士の資格は下位の二級建築士の内容を包括しているのだから上位の資格が下位の資格に対するデメリットはありませんよね。それとおんなじ。
普通自動車免許は下位のAT限定と比べた場合のデメリット無し。
下位のAT限定免許は普通自動車免許に比べた場合のメリット無し。

限定なしのメリットは、マニュアル車も運転できること、デメリットは取得時に費用と時間が少し多くかかるということ。
限定ありのメリット、デメリットはその逆です。

普通免許のことですね。AT限定の方が
「安くて早く免許が取れる」がメリットですが、
取得後の話だと、言うほどの差はありません。
普通車以下では、マニュアル変速のみの車種は
ほぼ、ありませんからね。
同じ車種でAT車が出てます。
マニュアル車を運転できない・・のはデメリット
ではありません。マニュアル車を運転しないから
AT限定で取るわけです。賢明な選択です。

＞運転免許にAT限定とMTも運転出来る免許
前提からしておかしいんですよね。MT車もAT車も運転できるのが基本なんです。
しかしAT車しか運転しない人（MT車の操作ができなかった人）のためにAT限定免許が「後から」作られたのです。
メリット、デメリットなんてありません。
強いて言うなら、AT限定で取得した人が後々にMT車を運転しなければならないような場合は、AT限定解除という審査に合格しないといけないので、手間暇とお金がかかるってことくらいです。