ディーラ車検（指定工場を含む）についてですが、自社内で検査が終了し

ディーラ車検（指定工場を含む）についてですが、自社内で検査が終了し合格した場合、保安基準適合証が発行されると思うのですが、それを営業か事務員が陸運局にまとめて持って行くのですか。
またお客様から預かった重量税もまとめて支払いに行くのですか。今日ユーザー車検車検を受けに行ったら結構ディーラーの事務員？の女性らしき人が結構いたのでどういう仕組みになっているのか気になり質問しました。
詳しい方教えてください。

その通りです。
ディーラー店舗内の整備工場で車検合格すると、お客様の車には保安基準適合証（通称ほてき）を貼ります。
保安基準適合証の期間内に、ディーラーの店員は陸運事務所に書類を提出し、新しい車検証とシールをもらいます。
お客様に来店してもらい、保安基準適合証を回収し、シールをフロントガラスに貼って新しい車検証を渡します。（お客様に郵送する場合もあります。）
こんな感じの流れです。

指定工場では複数台分をまとめて陸運支局へ出向き継続手続きをしています。
重量税はその都度支払う事もありますし、証紙を用意する事もあります。
手続きに行くのは女子スタッフや再雇用の方が多いようです。
最近はOSS申請ができるので、陸運支局に出向かないでデータのやり取りで継続更新するディーラー工場も増えてます。
近い将来にはディーラー工場内で車検証やステッカーの印刷まで行うようになるようです。