おっしゃる通り、本来は一方通行入口にも、自転車除外等の補助標識が必要と思います。全ての車両が一方通行だと思って進行して行くと、自転車が逆行してきてびっくりする自動車がいる可能性があります(特に地方から来た車両)。
以前、近くの警察署・交通課に聞いたところ、「東京は標識が多く分かりにくいので、できるだけ標識を少なくすように本庁から指示がでているので、重要性の少ない標識は省略しています。」という回答でした。
省略している例は、これ以外にも次のようなものがあります。
① 一方通行出口に『終わり標識』が無い(交差点などで、明らかに終了と分かる場所ではなくても)。
② 自転車除く一方通行道路の逆行側には、止まれ標識や横断歩道標識等も無い。本来は、自転車のために標識を設置すべきです。