駐停車禁止マークの所では、車内に運転手が居ても居なくても、停車し

駐停車禁止マークの所では、車内に運転手が居ても居なくても、停車していていれば違反になるのですか?

駐停車禁止の標識がある場所では「法令の規定若しくは警察官の命令により、又は危険を防止するため一時停止する場合」でない限り、停車するだけで違反になります。つまり、信号待ちだとか、警察官が止まれと指示しているとか、このまま進むと追突するとかの場合以外、そこでは駐車も停車もしてはいけません。人の乗降のために一時的に止まるのも違反です。
運転手が乗っているか居ないかは「駐車」の場合には問題になりますが「停車」の場合は問いません。

停車の目的次第でしょ。
動けないのか、任意で止まっているか。

停止（信号待ち・一時停止など）
停車（いつでも発進できる状態で継続的に停止）
駐車（すぐ発進できない状態の停車・特定の条件を満たしてしまった停車）
すぐに発進できるように人が乗ってても、特定条件の方を満たせば、駐車違反として取り締まりの対象になります。実際の運転では５分のラインぐらいしか気にしないかもしれませんが、学科ではもっと細かい決まりがあるので教習所で聞いて下さい。

駐停車禁止の場所には、運転手が車の中に居ても駐車違反。
信号待ちは停車ではなく停止。
休みになると、こんなのが増える。

それじゃ信号待ちの停車もできないじゃないですか！

はい。関係ありません。