バッテリーの充電を自分でするつもりですが、メモリーをバックアップし

バッテリーの充電を
自分でするつもりですが、メモリーをバックアップしないで外すとナビなどに
ロックがかかると聞きました。
どのようにすればいいですか？
工場出荷時にもどせばいいのですか。

設定メニューにセキュリティが有って、する・しない 又はオン・オフが有れば解除すればかかりません。

充電器によってはバッテリーを車両に載せたまま（繫ぎっ放し）で充電が可能です。
尚、セキュリティロック云々についてはナビの種類（市販されている2DIN等）によりますので全てのナビにセキュリティロックがあるとは限りません。
工場出荷時に戻せるもはユーザーが設定した値だけでセキュリティロック自体は戻らないと思います。（戻せたらセキュリティの意味がありません）

今、バッテリー充電中だけど、バッテリーの配線は繋いだまま、キャップも閉めたままで一晩中やってますが何の問題も無いです。
いちいちバッテリー外すなんて面倒ですよ。
バッテリーは内部抵抗が低いので、充電器で20V以上かけられても、充電器をバッテリーに繋いだ瞬間13V台になります。14V以上に電圧が上がって、バッテリーへの流入電流が減ってくれば自動でOFFになります。

エンジン始動出来るのであれば１時間程エンジン始動してれば良い。車が何か分からないがバッテリー外すとナビの設定したセキュリティでロックしてしまいます。セキュリティコード分かるなら良いですが？又、車側のエンジンアイドリング学習、パワーウインドウの設定も必要となります。バックアップメモリーバッテリーで長時間そのままにするとバッテリー電圧低下とECUが判断してエンジンチェックランプ点灯となる場合もあります。周りは皆お休みですが、大丈夫ですか？バッテリー不安ならまだやっている所で交換お勧めします。

バッテリー交換をする車種､ナビが？ですがバッテリー交換の手順は取説に書いてあります。
大体の車種でバッテリーを外すと色々な所が初期化されて復帰させないと同じ様に動かないことがあります。
トヨタナビだとセキュリティロックがかけてあると思いますのでパスワードがわからないとディーラーに行くしか無くなります。（ネットに解除コードが出せるサイトもありますが）
自車等はそのまま交換しますが面倒ならバッテリー端子やOBDⅡ等にバックアップして交換すればOKです。
今時の車はバッテリー交換後に電流積算値などをリセットしないとNGな車種もあります。

交換ではなく充電ですか？
EVは知りませんが、ハイブリッド、ガソリン（ディーゼル）車ならエンジンが掛かるのであれば、
出来れば昼間にオーディオをきって一般道でも1時間くらいエンジンを切らずに走れば充電されますよ。
昨年会社のプリウスのバッテリーが上がってたので、始動バッテリー繋いでエンジンを掛けたあと高速道路を15分程、一般道を30分程走ったらその後何の問題もなく使えましたのでそれで大丈夫だと思いますよ。