普通車ATの本免試験で3回とも同じ点数(87点)で落ちているの

普通車ATの本免試験で3回とも同じ点数(87点)で落ちているのですが、試験で何を間違えたのか分からなくてどこを直せばいいのか分かりません。おすすめの勉強方法ありませんでしょうか？

模擬テストでは平均何点でしょうか？
模擬テストで数回合格できたとしても、平均が合格点以下なら、その数回の合格は「まぐれ・たまたま」でしょうね。
平均が合格点を上回るくらいやりこまないと、おそらくダメでしょう。
平均が合格を上回っていれば、本免試験で1～2問間違えても合格できます。
まぐれで合格していても、本免で何問か間違えると、そりゃ落ちます。
模擬テストだと、自分がどこを間違えたのか出るでしょうから、そこを重点的に覚えるのがまず最初でしょうね。
あとは、よくある「日本語のひっかけ」に引っかからないことですかね。
回りくどい書き方してるけど、たいていは「裏を読んだりせず、問題文に書いてあることだけ」を考えたら、正解することが多いです。
例えば「~~はしてはいけない」って問題文の時に「でもこういう場合もあるよね？こういう時は~~しないとしょうがないよね？」なんて「問題文に書いてない状況」のことまで考えると、たいてい間違えるものです。

「どこが間違えたか分かった」ら、そこしか勉強しないでしょ？
つまり「全部やれ」って事。

アプリで勉強していたら、無理でしょうね。
どこを間違え、解答を理解できているか分からないから。間違えた問題を復習するのに、探す手間を考えたら、アプリは効率悪すぎ。
問題集１冊購入して、何度も満点取れるまで勉強した方が、効率が良い。
今の勉強のままでは、次回もギリで不合格になるかも。今の勉強法が適しているなら、すでに一回で合格しているはずなので。

本番同様の形式で出題されているタイプの安い問題集一冊買って、全問正解出来るまで公文式同様何ターンもやり混む。
間違えた問題は解説読んで納得したフリで流さず、交通の教則等から正解の根拠となる記載を探す。
自然と教則を読み込む事になるので、出題されていないページの記載も頭に入る。
５~６００問(５～６セット)も全問正解出来る蓄積があれば、本番でも合格ラインには届くでしょう。

どこを間違えたか分からないで落ちるなら、勘で正解してるところ学習しないので、そこを「たまたま」失点してる。勉強時は「たまたま」正解してるから合格点。
ムサシを使っているなら、ちゃんと迷った問題ボタンを使う（即答できない時点で理解が少なく弱点なので押しておく）。