6月で21になるものです。優良として警察署で免許更新なのですが、16の時

6月で21になるものです。優良として警察署で免許更新なのですが、16の時に原付の免許を取得しそのあと18に普通免許を取得しました。
確かに合わせたら5年なので優良の条件は満たしてますが、私の記憶からして免許の更新は初回です。
これって初回として扱われますか？それとも優良として扱われますか？また、講習時間はどれくらいかかりますか

初回更新者講習とは、更新が初めての人のための講習ではありません。更新が初めての人が受けることが多いので、そういう名前になっているだけです。
初回更新者講習の条件は、更新年の誕生日の40日前時点において、免許保有歴5年未満で、違反運転者に該当しない人です。
更新年の誕生日の40日前時点において、免許保有歴5年以上あり、5年40日前までの過去5年間に無事故無違反であれば、優良運転者としてゴールド免許になります。

【参考】
更新年の誕生日の40日前時点において、免許保有歴5年以上あり、5年40日前までの過去5年間に軽微な違反（違反点数3点以下）の違反が1回まで、かつ人身事故を起こしていない場合は、一般運転者として5年間有効の青色免許が交付されます。
免許保有歴にかかわらず、更新年の誕生日の40日前時点において、軽微な違反2回以上、軽微でない違反1回以上、人身事故を起こした場合のいずれかに該当する場合は、違反運転者として3年有効の青色免許が交付されます。

6月が誕生日であれば更新の通知ハガキが届いているかと思います。（普通郵便扱いなので、稀に郵便事故や転居で住所不明で不達ということもあります）
その通知に「優良」と記載されていれば問題なく「優良」での更新です。通知のハガキはきていませんか？それがあればもう一度確認しましょう。
初回更新の対象は、途中で免許の併記があっても免許歴が5年に満たない人が対象です。