車から異音がするのでオートバックスへ持って行き、部品交換が必要との事な

車から異音がするのでオートバックスへ持って行き、部品交換が必要との事なので5000前受金を払いました。
後日部品が入荷したと連絡を貰ったので車を持って行き全額支払って部品交換してもらって一件落着かと思ったのですが明細を見たら前受金の分が引かれてないっぽいのですが自分で申告するもんなんですか？