トヨタキュービックカードで車検代を支払った後に、ポイント使う

トヨタ YOYOTAキュービックカードで車検代を支払った後に、ポイント使うか聞かれたのでお願いしますと言いました。
クレジットカードの明細と還元手続伝票（ポイントを使った分）が手元にあります。
還元手続伝票には、〇月〇日のご利用代金名際に反映させていただきます。と記載あり。
これは、先に支払いった車検代からあとでポイント分が引かれて請求されるって事で間違いないでしょうか？？
ポイント分を差し引いた金額を払うパターンはよくありますが、いったん支払ってあとから相殺されるのは初めてで心配になりました…。(；；)