N-Box(H27JF-1)のバッテリーについて、説明書には

N-Box(H27 JF-1)のバッテリーについて、説明書には32AH(5)/M42Rと書いてますがGSユアサのバッテリーには2種類あり同じ42Rでも50B20Rと55B20Rがありどちらですか？

M42Rはアイドリングストップ車等の充電制御に対応したバッテリーであり、55B20Rに相当の容量・サイズですよと言う事です。
55は5時間容量率の大きさを表しています。
Bは端子のサイズ(太さ)を表しています。
20はバッテリー長辺側の長さを表しています。
Rはバッテリーを正面から見た場合に、＋端子が右側にある事を指しています。
アイドリングストップ車対応バッテリーだと区別する為にM=B20サイズの42=性能ランクとなり、Rは同じ意味てす。
よってアイドリングストップ車の場合はM42Rでしたら大丈夫です。
GSユアサなら、新型のECORレボリューションが従来モデルのECO ロングライフより長持ちするので、価格も変わらないので、レボリューションの方を勧めです。