最近はセダン以外のやや大きめな自動車がタクシーに使われるケースが増えてきまし

最近はセダン以外のやや大きめな自動車がタクシーに使われるケースが増えてきましたが、普通自動車の枠を超えた車種までは登場していないように思います。
果たして普通二種免許で運転できないサイズ・定員の自動車を使ってタクシー営業を行ってもいいんでしょうか？
それとも普通自動車しかタクシーに使ってはいけない法令・内規などが存在するのでしょうか？

「普通二種免許で運転できないサイズ・定員の自動車を使ってタクシー営業を行ってもいいんでしょうか？」
問題はありませんよ。タクシー会社がマイクロバスを運行していることも普通にあります。それに、免許の要否に「サイズ」は関係ありません。免許は重量と定員で区分されています。
基本的にタクシーは、道交法上の普通車です。定員10人以下なら、わざわざ普通自動車の枠に収まらない車でタクシー事業を実施する意味は無く、強いて言えばストレッチリムジンが該当する程度でしょう。タクシーは営利事業ですから、無意味にコストをかけることはしません。よって現実に存在するタクシーは、普通二種で運転可能な枠内に収まります。
それに、旅客車は基本、荷物は載せません。結構な大きさの車体であっても、普通自動車の上限である総重量3.5tにはなかなか届かないものです。代表的なトヨタのハイエースも、定員14人のコミューターを除き、全てのモデルは普通自動車の範囲に収まっています。ジャンボタクシーと呼ばれる大き目の車両でも、普通自動車の枠内に収まります。

大阪の女性個人タクシー運転手です
道路運送法
（種類）
第三条
旅客自動車運送事業の種類は、次に掲げるものとする。
一
一般旅客自動車運送事業
（特定旅客自動車運送事業以外の旅客自動車運送事業）
イ
一般乗合旅客自動車運送事業
（乗合旅客を運送する一般旅客自動車運送事業）
ロ
一般貸切旅客自動車運送事業
（一個の契約により国土交通省令で定める
乗車定員以上の自動車を貸し切つて旅客を運送する
一般旅客自動車運送事業）
ハ
一般乗用旅客自動車運送事業
（一個の契約によりロの国土交通省令で定める
乗車定員未満の自動車を貸し切つて旅客を運送する
一般旅客自動車運送事業）
二
特定旅客自動車運送事業
（特定の者の需要に応じ、
一定の範囲の旅客を運送する旅客自動車運送事業）
…と道路運送法に書かれています
そして…
道路運送法第三条は
一イ 路線バス
一ロ 貸切バス
一ハ タクシー
二 特定バス（学校や会社の送迎バス）
のことです
そして…
一個の契約により国土交通省令で定める乗車定員
これが11人です
なので免許的にも道路運送法的にも
11人未満（10人以下）
これが普通車（タクシー含む）であり普通二種なわけです
これ以上はバスとなり中型や大型免許です

そしてサイズ問題ですが…
確かに大きくなると事故りやすいかもしれませんが
被害の大きさ的に物理学的に考えますと
ニュートン力学において、物体の運動エネルギーは、
物体の質量と速さの二乗に比例する。
つまり、速度 v で運動する質量 m の物体の運動エネルギー K は
K = (1/2)×mv^2
で与えられる
とあるんですよね
大きさは関係なく重さと速度だけなんです
これを考えると
法律を作った当時
事故の大きさを考えた時に
重量を中心に考えたというのが理解出来ます
そして人数も多くなれば
それだけ人的被害も大きくなります
なので…
運転免許制度は重量と人数がメインかと思いますね

今の免許仕切りはサイズより総重量仕切りですからね。
貴方の疑問は当然だと思います。
例えば通行料金は普通でも免許は中型とな逆に免許は普通でも通行料金は中型とかありますね。
１ナンバー枠も総重量が普通免許枠内なら普通免許だし、４ナンバーだけど総重量が準中型や中型の車もあるわけで。
ザック言うなら準中型試験車はアルファードより小さいです。
アルファードより小回りも効いて運転楽なのに総重量で準中型ですね。
因みに準中型試験車も通行料金は普通車です。
貴方の言うようにサイズ無視の免許仕切りだから事故が減らないんですよ。
有料道路だってフェリーだって基本は車枠で課金されますから。
通行料金が普通で免許は中型とか？だから知らない間に無免許運転？みたいな話になるわけです。
車枠で制限をかけると単車が売れなくなるから自動車メーカーの顔色伺いながら法律を作ってる証ですね。
ブレーキとアクセルの踏み間違いも決して車の欠陥と言う角度で調査しないですよね？

タクシー車両の基準では中型・大型の車両はタクシーに使えない。
タクシーの車種区分で一番大きいのは特定大型だが「・・・・普通自動車で乗車定員・・・若しくは小型自動車で・・・」という基準がある。
なお、タクシー車両は「乗車定員 10 人以下の旅客自動車運送事業用自動車」であり、それ以上の乗車定員の車両の場合はバスになる。→10人以上乗れるような大きな車両はタクシーには使われない。