スズキのアルトRSとワゴン WagonRスティングレーの2車種で今購入を検討しています。

スズキのアルトRSとワゴン WagonRスティングレーの2車種で今購入を検討しています。
荷物の収納スペースや乗車性などを考えるとスティングレーがいいと思うのですが
この2車種を比較した時にひっかかかるのがエンジン
ワゴン WagonRスティングレーがCVTに対してアルトRSが５AGS
この辺りがどちらがいいのかもよくわかりません
この2車種について詳しい方アドバイスいただけませんか？

ワゴンRスティングレー、一択ですよ。
アルトワークスが５ＭＴで復活が決まった今、アルトRSは残念な存在でしかなくなるからです。走りの楽しさ、下取り・買取も全く期待できません。
ワゴンRスティングレーは、仰る通り荷物の収納スペースや乗車性など抜群ですし、そこそこ走る割にはカタログ燃費は32.4キロと優秀です。（実質燃費は走行シーンにより変動しますが15～25キロはのびます）
下取り・買取も軽自動車ではトップクラスです。
あと何よりも特筆すべきは、Sエネチャージ搭載車の最大のメリットと評価するアイドリングストップ機構です。普通のアイドリングストップ車は信号待ち等で発進時に「キュルキュル」と不快な音を伴いエンジンが再始動していますよね。
これがSエネチャージ搭載車では新開発ISGという機構でベルト駆動による再始動の為、あの不快な音が無くほぼ無音でエンジンが再始動し、非常にスムーズに再発進が出来ます。
私はスティングレーではないワゴンＲですが、この機構は本当に「買ってよかった」とつくづく思いますよ。

単純にアルトRSの方が速いですしキビキビ走ります。
走行性能か積載量どっちを取るかくらいの気持ちで大丈夫です。

車高が高いと駄目とか、値段は安いほうが良いとかでなければスティングレーでいいのでは。
重心の差もあってRSの方が速く走るなら速いのでしょうが、普通に乗るならスペース的な利便性とか、Sエネ付ならアイドリングストップからの復帰も充電量があればセルが回る音もなく静かですし、燃費も良いでしょうから買って後悔はない気はします。
ターボ軽が120万から130万ぐらいで買えるとなると、今は選択肢としてRSぐらいしかないのでお買い得なのは確か。
最新型のシャーシなので軽量なのも、軽自動車としては色々と負担が少なくていいんでしょう。
ただベースのアルトが安く倍近いの値段なのでそれをどう見るかですが・・
ワークスも出るよう（FF車にはAGS搭載もある？）なので、そうなると将来的な価値もちょっと心配。値崩れするほど台数も作ってないので大丈夫とは思いますが。
CVTとAGSの差も慣れれば別にどっちもただのATです。
AGSの方がエンジン回転数と速度がリンクしてるので音と加速の違和感はないですが、ギヤ変わる時の一瞬の空走感がちょっと微妙な位。
CVTは加速でエンジンが唸ってるわりに速度が低かったりすると、滑ってそうで燃費に悪そうな気だけする感じが嫌といえばいや・・

実用本位に使いたいのならワゴンＲ。
車の運転を楽しみたいならアルトです。

悩むべきところなど一切なく、ワゴンRです。
比べる相手が違います。
また、もしターボモデルを考えているようなら、同じ価格でフィットが視野に入ることも考慮してますか？
軽自動車でなければならない特別な理由がなければ、衝突安全性・燃費・快適性・耐久性で圧倒的に勝る小型車を強く薦めます。
特に衝突安全性は軽自動車と小型車は比較になりませんので（軽自動車は「衝突事故＝足切断」を覚悟して乗ってください）。

私はMH34S ワゴンRスティングレーターボに乗っていますが、アルトならワークスの5MT仕様でしょうね！
現行のアルト ターボRSは試乗しましたが、Dレンジは本当に違和感の塊ですし（まだスポーツモードやパドルのが走りやすかったです。）、後席に人を乗せるならスティングレーですね！
アルト ターボRSはリアシートスライドやリクライニングしませんし分割可倒式では無いし、人や荷物ならスティングレーターボです。
CVTだとスポーツ走行には余り向かないし、Dレンジはエコ制御でスムーズだが面白くない、パドルも加速も途中自動変速制御入るし減速も駄目です。
でもそこそこ弄ってくると加速だけならなかなか速いと思いますし、コーナリングもワゴンタイプの割には安定しています。（ブレーキはノーマルはダメですが・・・）
使い勝手ならスティングレーですし、現行ならターボ車にもSエネチャージ付ですので、アイドリングストップからの復帰も静かで良いと思いますし、CVT軽ターボ車で一番実燃費も良いと思います。