ATでもMTでもマフラーは同一ですから取付はできます。
ただ、交換用スポーツマフラーの場合平成22年4月以降の規制で
① 騒音低減機構を容易に除去することができる構造の禁止
② 加速走行騒音防止性能の義務付け
が追加され
MTだと②の加速騒音レベルがクリアできないからではないですか?
ATだとトルクコンバーターを介してるから加速時の騒音がそれ程でもないけど、MTだとクラッチ繋いでしまえば踏んだなりドンドン加速しますから基準値以上の騒音になってしまうという事です。
だから「ATのみ」って但し書があると思われます。