自動車の軽・二輪の料金って元々20%くらい安い料金で設定されてます

自動車の軽・二輪の料金って元々20%くらい安い料金で設定されてますが深夜割とか祝日割はそこに掛け算式で割引ですか？

キロあたり単価が普通車の20%引きで設定されている。この20%引きの数字が「定価」。
休日割・深夜割は定価から計算する。
また、100km超利用時の遠距離逓減も、定価ベースから計算して、ここに休日・深夜割が適用される。
なお、休日割は大都市近郊区間を含めての通行がある場合は、大都市近郊区間の走行距離を全体の走行距離の比率で勘案して減算されることに注意が必要（大都市近郊区間は休日割引の対象外）。

そうです。