2ヶ月前の話ですが、自動車学校に通っていました。そこの自動車学校は教習の予約を

2ヶ月前の話ですが、自動車学校に通っていました。そこの自動車学校は教習の予約をスマホのアプリでするようになっていて、何時間か予約してあった時コロナになってしまいました。
予約の取り消しはアプリでするみたいですが、反映が遅いし、コロナで辛かったこともあり自分の代わりに他の人が電話で予約分を全部キャンセルにしてくださいと伝えてもらいました。
また授業受ける際は電話で教えてくださいと言われたのでアプリも開かずそのままにしていました。
2週間くらい経った頃コロナも治って家でゆっくりしてた時教習所から電話がきて、今日授業入ってますがどこにいますか？っていわれました。
全部キャンセルって言ったので入ってないつもりでしたが、前に予約してたのが記録？されてて授業の日になってました。
（多分コロナは2週間で終わるものだとして2週間分はキャンセルで消えてたけどそれ以降は残ってた）
でもその日は家にいて絶対無理なので当日キャンセルしました。
最終的に卒業できたのですが、キャンセル料１回あったので2000円程払って下さいって言われました。
2000円は結構痛いので説明したのですが、キャンセルの電話はもらったけどアプリでも消してもらわないと予約が残ったままになります。
当日キャンセルは2000円と入校する時説明してサインもらいました。と言われました。
もうめんどくさいと思い払ったのですが、こういうときって諦めた方がいいのでしょうか？
この話はもう支払っちゃったので時効ですが、
納得できないです。

電話口の言われ方では、電話でのキャンセルができないと説明されている感じですね。これでは、質問主さんの行動は「友人に体調が悪いので、休みますと伝えて欲しいとお願いし、友人は伝えてはくれた。アプリの予約は入れたままです。」の受け止めです。どんなに体調が悪くても、トラブル時は言った言わないの水掛け論になるので、アプリでの予約解除が必要な言い回しです。教習所としてもトラブル回避の証拠がいるので、言われたようにアプリでの解除ですね。
それとお金に関わる事なので、どんなに体調が辛くても、自分でキャンセルするべきと思います。キャンセル料の扱いも質問してくれるように頼みましたか？タダ、キャンセルしたいと友人が教習所に頼んだだけなら、お金の話はしないと思います。お金が発生する予約などは、自分でキャンセルしたとしてもキャンセル操作が完了していない事もあるので、時間を置き、反映されキャンセルになっているか再確認する事も必要です。

キャンセルの電話の際に職員が「電話ではなくアプリで消さないとダメ」となぜ言わなかったのか疑問ですね
そこを追求すればキャンセル料払わずに済んだかも知れませんが、入所の際の契約書などに書かれていたり、説明されていたなら泣き寝入りですね…