免許証の写真を変更したいとき、免許証を作り直すことができるようですが、

免許証の写真を変更したいとき、免許証を作り直すことができるようですが、紛失再交付のように免許証番号 末尾が0から 1に なっちゃいますか？

末尾が変わるのは紛失による再交付の時だけです。

免許証が返せたら番号は変わりませんよ。
紛失だと返せないから番号が変わって、同じ番号が世の中に2枚無いようにしています。