バッテリー交換時にバッテリー充電器をメモリバックアップとして使用したのですが、

バッテリー交換時にバッテリー充電器をメモリバックアップとして使用したのですが、ナビやステレオの設定は残っていたのですが、車の時計はリセットされていました。
これはメモリバックアップはできていなかったということでしょうか。初めてエンジンをかけた時にステレオ等の初期設定云々の画面は出ました。
交換後に「バッテリー充電中のためアイドリングストップできません」と出てアイドリングストップが効かないのはそのせいで何か設定が必要なのでしょうか。

バックアップは失敗したと思われます。
ナビの設定はフラッシュメモリに記録されるためバッテリーを外しても揮発しません。
音質調整などカーステレオ寄りの調整項目はわざと初期化されるように設計されている場合があります。
設定したルートなどの一時的な記憶は揮発します。
「バッテリー充電中のため・・・」はバッテリーが劣化してきている場合に出ますが
新品のバッテリーという事でしたらまだ充電量が不足しているだけかも？