田舎の交差点などで良くられる信号機の点滅運用(主に夜間)ですが点滅にするか否か

田舎の交差点などで良くられる信号機の点滅運用(主に夜間)ですが点滅にするか否かの基準に明確な決まりはあるんですか？

明確なる基準はないと思います。
警察の判断です。

単純に交通量が少ない時間になるんだと…
場所に寄るでしょうが、近所にあるのは22時から6時までとかです。