保有免許がAT限定の人がMT車を運転した場合の罰則はあるのでしょうか？

保有免許がAT限定の人がMT車を運転した場合の罰則はあるのでしょうか？

無免許ではありません。免許条件違反になります。
罰金は4千円だったと思います。

ＡＴ限定であってもなくても免許は免許で持っているということになるので無免許運転にはなりません。
免許の「ＡＴ車に限る」という条件に違反しているということで「免許条件違反」ということになり、
反則点数２点、反則金は普通車だと７０００円で自動二輪車だと６０００円です。
これは他に「眼鏡等」の条件も該当しますし、小型限定の自動二輪免許で２５０ccや４００ccのバイクを運転した場合も同様です。
（小型限定の自動二輪免許で７５０ccや1000ccのバイクを運転した場合は普通二輪と大型二輪は別免許なので無免許運転になります）

免許証の条件違反ですね、今現在AT限定でこれからMTを乗りたいなら限定解除を免許センターで申請＆試験を受ければ（
それなりに難しい試験ですが）取れますよ。

免許条件違反で違反点数２点、反則金（普通車）７千円だったと思います。

普通に無免許運転です。
↓なるほど、条件違反かぁ・・・。