もうすぐ運転免許取得予定の高校生ですが、自分の学校では運転免許を

もうすぐ運転免許取得予定の高校生ですが、自分の学校では運転免許を取得したら高校卒業まで学校に預けなければなりません。
免許センターで再交付をしたら学校にばれる可能性はありますか。

再交付の申請の仕方にもよるでしょう。
免許センターでは再交付申請をする時に理由を書かされます。
「盗難」という理由にすれば、警察署に盗難届を出したか否かをきかれ、
更に盗難届けの受理番号をきかれます。
正直に「学校に預けた」などと言ってしまえば、学校にはバレますし
そもそも再発行してくれません。
どのみち学校を騙そうと思っているなら
（再交付を受けて運転しようと思っているなら）、
免許を取得したことを最初から学校に内緒にしておいたほうがいいように思います。

再交付するときは、盗難なり紛失なりの届け出が警察に必要になりますし、免許センターでも理由を聞かれ誓約書にサインさせられますし、免許証番号の末尾も変わって、面白くないですよ。
学校にばれることはないと思いますが、どこでどうつながってるかわかったもんじゃないですよ。
高校在学中は万が一何か事故なりあっても、本人が責任が取れないから乗るな。ということでしょ。あなた、そこの高校に在学してるんだったら守らなきゃ。
※高校の校則も守れないような人がこの先社会で交通法規を守れますか？
高等学校が在学中に教習所に通わせてくれるのは、卒業即就職のための人用の特例措置ですよ、普通。