普通二輪を取得した場合は - 二輪免許を取得したら自動車免許を

普通二輪を取得した場合は
二輪免許を取得したら自動車免許を取得する際に学科は免除されるんですよね？

はい、免除されますよ。
以下は警視庁のものですが、『受付時間』⇒『学科試験免除の方』の箇所を見れば2輪免許所持者が学科試験免除になることがわかります。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/tetuzuki/tetuzuki01.htm
たまに昔の記憶で出来ないとする回答がありますが、間違いなくできます。
ただし、教習所で取得の場合には学科教習が2時間だけありますが、この場合にも試験場で学科試験はもちろんありません。

免許センターでの学科試験は免除になります。
しかし教習所での学科教習は第2段階「危険予測ディスカッション」の1時限を受けなければなりません。
この学科教習項目は免除されません。

そうですね。普通二輪免許は「一種免許」相当です。ですので他の一種免許を取得時は全て学科試験免除です。
・大型二輪免許
・普通一種免許
・中型一種免許
・大型一種免許
・大型特殊自動車一種免許
当たりがそれに該当します。（牽引は四輪を持ってないと受けられないので）