普通二輪免許を先にとっておくと普通自動車免許の学科が免除されると聞いたんですが

普通二輪免許を先にとっておくと普通自動車免許の学科が免除されると聞いたんですが、それは逆（先に普通自動車免許をとって後から二輪免許を取る）の場合でも免除されるのでしょうか？

『学科試験』はどちらのケースでも免除です。
http://www.police.pref.kanagawa.jp/mes/mes83017.htm
教習所での『学科教習』については大部分は免除になりますが
普自二→普通車：2時限
普通車→普自二：1時限
が必要です。
(↑はあとに取った方の学科教習時限数です)