小型限定２輪の125までの免許を持っていたら、車の免許を取る

小型限定２輪の125までの免許を持っていたら、車の免許を取る時は学科免除になりますか？

もちろんです。一種免許の学科試験全て免除ですよ。ただ、教習所の学科授業は１～２時間は有ると思います。