教習所を卒業して、普通二輪と普通車の二種類の免許を取得しました

教習所を卒業して、普通二輪と普通車の二種類の免許を取得しました。
後は免許センターに行って学科試験を受け
合格すればそのうちのどちらかは即日交付
日を改めてもう一方の免許の書き換えに行くという事を聞きましたが
交付手数料を節約する為、
最初に受けた免許の学科試験に合格した際に交付を受けず
後日まとめて免許証の交付を受ける方法があるそうなのですが
その方法を詳しく教えて下さい。

私の経験では、既に何かの一種免許を持っていて、複数の免許を交付する時は交付手数料が安くなりました。
例えば、既に普通一種を持っていて、教習所で普通二輪と中型一種で受講し、それぞれ二通の修了証があれば、交付手数料は安くなります。一通なら1750円前後位？でも二通なら1950円前後だったと記憶します。
ですが、何も免許がない状態でそれが通用するのか正直分かりません。私は出来ない様な気がするのです。
あなたの場合は「普通一種＋学科試験」「普通二輪＋学科試験」って流れで・・・でも、同時には物理的に無理なんで、「学科試験＋どちらかの免許の交付＋残りを交付」という手順じゃないのかなと思います。一度試験場に問い合わせしてみて下さい。

僕が住んでいる県(愛媛)では同時申請出来ます。
数年前に所持免許無しの状態で普通車と普通二輪車を同時教習で卒業しました。
午前中に普通免許の学科試験を受験して合格後、午後から普通二輪免許を併記申請(学科・技能免除)して夕方に免許証が交付されました。
なので免許証の取得日は普通免許・普通二輪免許共に同一日になってます。
交付手数料に関してはうろ覚えですが別々に取得するよりは安かったと思います。
詳しくはお住まいの地域の免許センターもしくは卒業した自動車教習所に問い合わせてみてはどうですか？