普自二の免許持ちで、普通車と大自二の免許を免許センターにて申請したいのですが、

普自二の免許持ちで、普通車と大自二の免許を免許センターにて申請したいのですが、手数料はどうなるのでしょうか？
試験手数料(適正検査)は一緒になるのでしょうか？

別々の物です、ですから普通免許、2輪免許と料金は変わりますが約2倍いるのです。
適正検査も同じことです。
私は限定解除、大型、大特、同じ時期に取りましたが一つ一つ適正検査を受け講習会も3回受けました。
同じ内容の講習会であくびして退屈でたまりませんでした。