原付免許を取って1年6ヵ月で普通免許を取って11ヵ月なのに原付の二人乗りと速度

原付免許を取って1年6ヵ月で普通免許を取って11ヵ月なのに原付の二人乗りと速度違反で3点とってしまいました。
この場合普通免許の初心者講習は受けることになるのでしょうか？

ならないです。
普通免許持っているから『“原付きの違反で"四輪の初心者講習“には"』引っ掛かりません。
が、免停等は別計算しませんから。あくまで３点。あと３点で免停です。

初心者講習に該当するのは普通車での違反のみですから、原付での違反では初心者講習にはならないです。

初心者講習の対象外違反です。
現在は普通免許が初心運転期間中ですね。この場合「普通免許で運転できる普通車の違反」が初心者講習の対象です。
下位車種の原付による違反行為は影響ありません。
（点数制度上の累積は、運転車種に係わらず個人に累積されますので注意。初心制度とは別ものですから）