私は今日、自動車学校でAT限定解除をしてきたのですが免許を新

私は今日、自動車学校でAT限定解除をしてきたのですが免許を新しく申請する際には平成１９年６月２日にできた新制度の免許になってしまうのですか？

あなたがＡＴ限定の普通免許を２００７年６月１日以前に取得したのなら（旧普通免許）、同年６月２日以降はＡＴ８トン限定中型免許を取得したものとみなされています。ＡＴ限定を解除した場合、旧普通免許で運転出来たすべての自動車をＭＴを含め運転出来ます。この場合、免許証の裏に「ＡＴ８トン限定中型免許のＡＴ限定解除」を意味するスタンプを押されるだけで、免許証は次回の更新、他の免許の取得、再交付までそのままで、有効期限も変わりません。
ついでながら、８トン限定を解除した場合、８トン限定でない中型免許にはＡＴ限定はありませんのでＭＴ車での試験となり、同時にＡＴ限定が解除されますのですべての中型自動車及び普通自動車を運転出来ます。

あくまでも『AT限定解除』なので、運転できる車両は前と変わらないはずです。