公認自動車教習所で、普通二輪の免許を取得しようと検討しているんですが、

公認自動車教習所で、普通二輪の免許を取得しようと検討しているんですが、教習所で免許を発行してくれるのでしょうか？
補足免許センターで学科のテストをするんでしょうか？

免許を発行するのは免許センターです。
教習所は免許センターでの技能試験を免除する卒業証書をもらえるところですよ。
あなたが無免許(小型特殊、原付麺機をのみを含む)なら、免許センターで学科試験に合格する必要があります。

教習所では免許を発行していないです。
取得試験は免許センターへ行く必要があります。