4月に普通自動二輪免許をとりまして、6月に大型自動二輪免許をとりました。

4月に普通自動二輪免許をとりまして、6月に大型自動二輪免許をとりました。それで、普通自動二輪の方は初心運転者期間は終わりと言われました。
普通自動二輪で違反3点以上でも、初心者講習はないのですか？詳しい方教えてください。

上位免許に当たる大型自動二輪免許を取得した時点で普通自動二輪免許の初心者期間が終わり、大型自動二輪免許の初心者期間に入っていますから、初心者講習に該当する違反は大型自動二輪での違反のみなので、普通自動二輪での違反は初心者講習には該当しないですよ。

そういうことです。
つまり、400㏄を超えるバイクで違反した場合にのみ初心者講習の点数としてカウントされます。
普通自動2輪免許で乗れるバイクで違反しても関係ありません。