普通自動車の免許を以前持っていて、約3年前に更新があったのです

普通自動車の免許を以前持っていて、約3年前に更新があったのですが、更新を忘れてて半年以上経ってから免許センターに行ったら仮免許を貰いました。
しかし、その後妊娠出産があって、仮免許も失効してしまいました。
その場合、また一から取り直しになるのでしょうか…。

流産するよりも、仮免許失効するほうがマシですよ。
以前普通免許を持っていたということなので、試験場で大型特殊を取って、その後中型や大型を取ってもいいかもしれません。
もちろん普通免許の直接受験もできます。教習所感覚で居てはかなり厳しいですが。まあ普通にしろ、大型にしろ仮免許からの受験になりますから、最短でも２回は試験がありますが。
普通免許の教習を一から始めるよりは金銭面でも楽な気はします。
教習所で同じ授業を聞かなくても良いし。
まあ車庫入れでぶつけてしまう等、運転があまり得意でないというのであればオススメはしませんが。

そうです。取り直しです。

免許が失効した場合、失効後6か月以内の場合は、免許申請をすれば技能・学科試験免除で失効した普通免許を再取得できます。また、免許失効後6か月以上1年未満の場合は、免許申請をすれば技能・学科試験免除で普通車仮免許を取得できます。
しかし、仮免許を失効させた場合は、いかなる事情があっても救済措置はありません。
普通免許を最初から取り直すことになります。

完全に失効した状態ですので、もういちど最初からやり直しです。