公安委員会指定の自動車教習所で普通二種免許の教習を受けて卒業

公安委員会指定の自動車教習所で普通二種免許の教習を受けて卒業した場合、免許センターでは学科試験に合格すれば免許が交付されるのでしょうか？

指定教習所を卒業し卒業証明書(普通二種)をもつて免許センターで普通二種免許の受験申請をすれば、技能試験免除で学科試験、適性試験(視力検査)のみ受験します。
学科試験は、100問で90点以上が合格です。学科試験、適性試験に合格すれば普通二種免許が交付されます。

その通りです。
学科試験前に受験資格があるかどうか適性検査（視力検査）をします。パスすれば学科試験へと進み、二種用の試験に挑みます。100点満点中90点以上で合格です。その後に免許交付となります。