AT車限定普通自動車免許証を取得すると、生活不利になるのは、

AT車限定普通自動車免許証を取得すると、生活不利になるのは、何故でしょうか？MTの普通自動車免許証を最初から取得するべきでしょうか？

その通りで、普段は全然気になりませんね。
就職などで、会社の車を使うときなどにＭＴだと運転ができないと言うことだけですね。
今は会社の外回りの車でも、ＡＴ車が多くはなってきていますがその時々でしょうね。

AT限定だと 「トラック運転手になれない」 というだけで、生活に関係することは無いです。
MT車なんて無いですから、、。
最初からMTで取るより、まずAT限定で取って、慣れてから「限定解除」した方が、むしろ早く安く済むそうです。

女性で将来結婚したら専業主婦になると言う方以外は限定より、MTの方が何かと好都合です、幅が広がりますから。業務用車両でATまだ少ないです（維持費の関係）

通常の生活を送るだけなら不利にはなりませんよ。
ただ、就職する際にAT限定不可っていう企業も多少あるので不利といえばそれぐらいです。