既に普通自動二輪を持っている場合普通自動車免許を取るとき合宿で行ったほうが

既に普通自動二輪を持っている場合普通自動車免許を取るとき
合宿で行ったほうがお得ですか？

その場合は通いのほうがお得

金額的には、通いのコースより合宿コースのほうが、大抵安い料金を出しています。ただし、既に普通二輪免許を所持している場合、合宿では学科教習が2時間しか無く、毎日2～3時間の技能教習以外に「することがなく暇」な状況に陥るので、人生の限られた時間の有効活用と言う意味では、ちょっと「お得」とは言い難いですね。

二輪免許を持っているならば、免許センターでも本試験で学科免除になるだけの話で、教習所も学科教習時間を削れるの安上がりです（多少は）。
自信が有るなら、学校に行かずに一発試験に挑戦しても良いですが、仮免も取らなきゃあいけませんし、無理ですかね。合宿が安上がりです。

いいえ 能力は別にしてコストだけ考えるなら免許試験場で合格するのが安いです