大型免許(自衛隊車両限定)を持っていて、免許更新時に深視力検査

大型免許(自衛隊車両限定)を持っていて、免許更新時に深視力検査に通らなかった場合、普通車を運転する資格も失うことになりますか？
普通免許を持っていない状態でいきなり自衛隊で大型免許を取得し、免許証の欄に大型としか書かれていない場合です。

「免許更新時に深視力検査に通らなかった場合、普通車を運転する資格も失うことになりますか？」
いいえ、基準視力に満たない場合、その更新が拒否されるだけで、免許がすぐに無効になる訳ではありません。
ただし、そのまま放置していると失効で全ての免許を失い、普通自動車も運転はできなくなりますので、期限までに視力をどうにかして更新を成立させるか、大型の更新を諦めて返納の手続き(申請取消手続き)をし、普通自動車に降格してから更新するか、になりますね。
なお、部分返納の手続き(申請取消の手続き)では、持っている免許を残すことのほか、持っていない下位免許へ降格することが可能です。深視力検査に通らない場合、準中型以上の自動車免許は残せないので、普通自動車に降格することになりますね。

上位免許を深視力とか自己都合とかで返納し、今持っていない下位免許（普通自動車免許とか、原付免許とか）を残すのは可能。

申請し、手数料を払えば普通免許にすることが可能です。
また、自衛隊を辞めただけでは返納する必要はありません。

あんたは大型免許を持つことにより普通車も運転できている。
ということは大型免許がなくなったら当然普通車すら運転出来なくなる。
当然、自衛隊を辞めたら免許は返納することとなる。

大型免許(自衛隊車両限定)を持っていて、免許更新時に深視力検査に通らなかった場合の扱いは以下のようになります。
・普通免許を持っていない状態で、自衛隊で大型免許のみを取得した場合、免許証の欄には「大型」のみ記載されています。
・この場合、深視力検査に不合格になると、大型免許のみが失効します。普通車の運転資格は持っていないため、影響はありません。
ただし、自衛隊車両以外の大型車両を運転することはできなくなります。自衛隊車両限定の大型免許が失効すると、自衛隊車両の運転もできなくなります。
普通免許と大型免許の両方を持っている場合は、深視力検査に不合格になると両方の免許が失効する可能性があります。その際は普通車の運転もできなくなります。

はい、視力検査に通らないと、運転免許の更新ができず、運転資格を失う可能性があります。大型免許（自衛隊車両限定）を持っていても、視力が基準を満たさない場合、免許の更新ができません。そのため、普通車を運転する資格も失います。ただし、視力が回復すれば再度免許を取得することは可能です。