バイクの普通自動二輪免許について質問です。去年の年末に合宿で

バイクの普通自動二輪免許について質問です。去年の年末に合宿で取りに行きましたが、卒検で落ちました。仕事が忙しく休みが取れなくてそれから一度も受けに行けてません。
教習期限は９月なんですが、既に検定期限の三ヶ月を過ぎており、前にやった技能も学科も全て無効になって、１から教習しなきゃいけないのでしょうか？

仰せのとおり3ヶ月をオーバーしていますので、残念ながら最初からやり直しです。
学生ならともかく、フルタイムの社会人だと、合宿で補習や不合格が出て延びるとつらいですよね。
普通車であれば、9ヶ月の期限のうちに仮免許を取っていれば、検定期限の3ヶ月を過ぎてもいろいろとアクションがとれるんですけど、二輪は仮免許の制度がないですからね…
もういちど、通いの教習所で終業後と土日を使って免許に挑戦してみてはどうでしょうか。いちど習っているので、時間オーバーはほとんどないはずです。