黄色信号で交差点を通過したところ警察に止められました。しかし、

黄色信号で交差点を通過したところ警察に止められました。
しかし、免許証と名前、電話番号を聞かれ
「今回は指導だけ」といわれました。これは違反になるんですか？
免許更新とかで違反者扱いになるんでしょうか？

一応黄色は徐行で進むということになってますね。今回指導ということとなれば違反者扱いにはなりません。ちなみに警告も違反者にはなりません。ただ警察官によっては黄色でも、赤だった！といって切符切ってくるやつらもいるから要注意ですね。

「今回は指導だけ」と言われたんでしょ
そう言う事です
何も記録には残りません！

教本より抜粋です
黄信号・・・・・車や路面電車は停止位置から先へは進んではいけません。（ただし黄色の灯火に変わった時停止位置近づいていて安全に停止できない場合はそのまま進む事が出来ます）
警察官は、ただし書きのところで判断してくれたのかもですね、あくまでも「指導」ですので問題ないでしょう。切符は切られていないんですよね？なければ問題ないですよ。違反にはなりません。

それは大阪ルール。青は進め、黄色は速く進め、赤は注意して進めです。

当たり前に、教習所を卒業した方は知っています。裏門を卒業した方は、どうかなあ。