原付の免許を持っているのですが、この間３点引かれて初心者講習に

原付の免許を持っているのですが、この間３点引かれて初心者講習に行かなくてはならなくなりました。しかし、今普通自動車の免許を取りに通っているのですが、この場合普通自動車免許でも原付にのれるので
初心者講習に行かなくても大丈夫なのでしょうか？すみませんが、返答おねがいします。

~原付免許取得からおよそ13ヶ月以内に普通自動車免許を取得できるのであれば、初心運転者講習は受講しなくてOKです。
また、上記期間内に取得ができない場合でも、原付免許が取消され、普通免許が取得できるまでちょっとだけ運転ができない期間ができる、取消によって免許期間が継続しない、それでも良しとするなら同様に講習は受講しなくてOKです。
初心運転者講習を指定期間内（通知を受けて1ヶ月間）に受講しなければ、とりあえず再試験該当者となります。
しかし、再試験は講習の受講期間終了後すぐに行われるのではなく、初心運転者期間終了時に行われますので、原付免許取得から1年間は免許を絶対に失うことはないということです。（重大な違反で取消処分を受ける場合等を除く）
初心運転者期間終了時に行われる再試験を受験して不合格になれば、即日取消処分を受けます。
受験しなければ受験期間（1ヶ月間）が終わりしばらくすると、「意見の聴取」が行われ、そこで取消処分が決定します。
意見の聴取に出席すれば当日取消処分、欠席では通知にしたがって出頭して取消処分を受けます。
ちょっと長くなってしまいましたが・・・
初心運転者講習を受講しなくても、普通自動車免許を取得（本免に合格）した時点で再試験の該当者から外れ、通知は来なくなります。
最悪でも、意見の聴取が行われるまでに上位免許の普通自動車免許を取得してしまえば、原付の初心運転者期間に関することはすべて関係なくなります。
原付取得から13ヶ月以内程度に普通自動車免許を取得できるように考えておくのが一番いいですね。
この段階までに取得すると、原付は取消されずに免許期間が継続します。
意見の聴取までに取得できなかった場合は原付免許の取消が決定しますが、出頭して取消処分を受けても、初心取消に欠格期間はありませんので、普通自動車免許の取得には影響せず、翌日以降にいつでも受験できます。
教習所に通っている間に再試験通知が来た場合は、再試験に欠席（1ヶ月間時間が稼げる）、意見の聴取に欠席（当日取消を受けなければしばらく運転できる）、出頭通知が来れば出頭を引き延ばす（免許を返すまでは運転できます）、こうやって時間稼ぎをしてその間に教習所を卒業し、本免を受験できるようになれば原付の取消処分を受けて、翌日以降に本免を受けに行って免許を手することができます。
こうすれば、原付に乗れない期間を数日のみにすることが可能です。
最後の「取消の出頭を引き延ばす」というのだけは、あまりおすすめではないですが・・・罰則はないので最悪、しても大丈夫です。
他の回答の誤っている点
>普通自動車の免許を取得できた場合にも初心者講習はうけなければなりません。
普通自動車免許を取得してしまえば、原付の初心運転者講習や再試験の該当者からその時点で除外されます。
>初心者講習の通知を受けてから1ヶ月以内に普通免許を取得して下さい。
講習を受講しなくても、再試験通知はすぐに来ませんので1ヶ月以内でなくてOKです。
>ただし落ちた場合は取り消しになりますので前歴１になります。
初心取消に欠格期間はなく前歴は付きません。

初心者講習など無視しても結構です。
理由は、再試験になっても原付は学科だけです。
万一落ちても欠格期間はありませんので、翌日から受験できます。
ただし落ちた場合は取り消しになりますので前歴１になります。
また普通免許が受かれば普通と原付と小型特殊は乗れます。
点数は引き継がれますので１年間は消えません。
再試験前に受かれば取り消しになりませんので、前歴なし 累積点３です。
上位免許を取得した場合は、下位免許の初心運転者期間は消滅しますので、その下位免許に関しては、初心運転者講習の対象とはなりません。

できれば、初心者講習の通知を受けてから1ヶ月以内に普通免許を取得して下さい。そうすれば、正当に初心者講習が免除されます。
1ヶ月を過ぎてしまった場合、後で再試験通知が来て、それも受けないか落ちれば原付免許だけを失います。でも、普通免許を取得済みなら、原付（50cc）には乗れますね。
ただ、原付で受けた違反点数は累積されたままなので、気をつけて下さいね。

ようするに原付の免許しか持っていないという事でよろしいのでしょうか？
普通自動車免許を取るために教習所に通っているのであれば、普通に、原付免許として初心者講習が対象になります。
普通自動車の免許を取得できた場合にも初心者講習はうけなければなりません。
もし初心者講習をうけなければ再試験となります。再試験になった時に、まだ普通自動車の免許をとっていない場合、めんどくさい事になります。