免許の点数のことで今年の２月に普通自動二輪を取得しましたそして５月にスピード

免許の点数のことで
今年の２月に普通自動二輪を取得しました
そして５月にスピード違反､罰金１万２千円いかれました
そのときに警察が 今日から３ヶ月無事故､無違反だったら点数は戻る と言っていたのですがそれは本当でしょうか？
ちなみに１万２千円の罰金でしたら何点減点ですか？

二輪車で罰金１万２千円なら、速度超過２０km/h以上２５km/h未満ですね。
これなら、違反点数は、２点です。
点数制度は加点制ですから、「減点」、「戻る」などの表現は間違いです。
免停などの行政処分の基準となる点数計算の原則は、過去３年間の累積です。
例外(優遇措置)が２つあります。
１つめは、１年以上無事故無違反の場合、それ以前の点数は計算(累積)の対象外となる。
２つめは、２年間無事故無違反であり、１点、または２点、または３点の軽微な違反を行った場合、
その後、３ヶ月間無事故、無違反で経過した場合、それ以前の点数は計算(累積)の対象外となる。
これらの場合の無事故無違反の期間とは、「免許取得していて、運転可能な期間で」という意味です。
今回の違反の際、警察が言ったことは、この優遇措置の２つめのことを言っていると思います。
現在、自動２輪の免許しか所持していなければ、２月に取得したので、運転可能な期間２年を満たしていないので適用されません。
他の免許(普通自動車など)を既に所持していて、５月の違反以前の２年間、無事故・無違反ならこの２つめの特例が適用されます。

二輪の速度超過で反則金一万二千円だと、２点の加点になります。

> 今日から３ヶ月無事故､無違反だったら点数は戻る
一昨年5月以前に原付免許なり普通免許なりを取ってますか？
もしそうであれば、「過去2年間無事故無違反→軽微な違反1回→その後3ヶ月無事故無違反」なら免停等の計算に入れない、という特例がありますので、そのとおりです。
もし普通二輪が最初の免許であれば、1年、つまり来年の5月まで無事故無違反でいる必要があります。
あと細かいことですが、「罰金」は厳密な意味では裁判所が下す刑罰（前科にカウントされます）のことで、この場合は「反則金」といいます。
点数の計算も減点ではなく加点・累積方式です。減点式だと、持ち点15点に対し、たとえば無免許運転19点が来ると、点数がゼロでとまらずにマイナスになって変なことになります。