普通自動車免許を返納して、原動機付き自転車の免許は返納しないことは

普通自動車免許を返納して、原動機付き自転車の免許は返納しないことは出来ますか？

できますよ。ただ、逆の「普通免許を残して原付を返納する」はできません。

できるようですよ。
https://www.zba.jp/car-kaitori/cont/surrender-drivers-license-partially/

できますよ。
免許一部取消し申請で検索してみて。