https://www.keishicho.metro.tokyo.lg

https://www.keishicho.metro.tokyo.lg.jp/menkyo/koshin/koshin/koshin02_2.html
係員さんが撮ってくれるのに、写真を持参する理由はなんですか？

それは、申請書を提出する場合の申請用写真の説明ですね。
現在、殆どの都道府県では、更新手続きの申請書は、持参した免許証を申請書にコピーして作る機械が導入されているため、あらかじめ申請用写真を用意する必要がなくなっていますが、例えばその装備が無い大阪府の警察署で更新手続きをする場合は、申請書に貼り付ける写真を持参する必要があります。また、更新以外の手続き、つまり新規や併記の受験時や、再交付申請の場合には、申請書に写真を貼り付けて提出する必要があります。それらの写真を用意する時の基準を、その記事は示しているんですよ。
そして、免許証に印刷される写真も、今は殆どの都道府県で、窓口でデジタルカメラで撮影したデータがそのまま使用される運用になっていて、免許証用写真の持参は不要ですが、一部の窓口ではその設備の準備が無く、写真を持参させて、後でまとめてスキャナで処理しています。よって、それ用の写真についても、申請用写真と同じ基準が適用されます。

運転免許証の更新手続きでは、新しい運転免許証に使用する写真を撮影する必要があります。しかし、手続き当日に撮影した写真では、即時に運転免許証を作成することができません。そのため、事前に写真を用意しておき、手続き時に提出することで、スムーズに新しい運転免許証を作成できるようになっています。
・手続き当日に撮影した写真では、即時に運転免許証を作成できない
・事前に写真を用意しておくと、手続きがスムーズに進む
・提出した写真を使って新しい運転免許証が作成される
つまり、事前に写真を用意しておくことで、手続き当日に時間を要さずに新しい運転免許証を受け取ることができるというメリットがあります。