普通自動車免許再取得のことで質問なのですが、教習所に再取得と伝えた

普通自動車免許再取得のことで質問なのですが、教習所に再取得と伝えた方がいいのですか？
伝えなかった時のデメリットを教えてください。
欠格期間自体は終わっています。

黙っておくべきことではないですが、もし取消処分者で再取得だ、と伝えたら、欠格期間が明けていることの証明書の提出を求められるでしょうね。また、都道府県によっては取消処分者講習と仮免許取得の実施順の関係もあり、その確認もされるので面倒なことになります。
一番無難なのは、とっとと原付免許を取ってしまうことです。そうすれば、その後の普通免許の取得に何の問題もなくなります。再取得云々も言う必要はありません。

はっきり覚えてないけど入校手続きのときに、
私は持病にてんかんを持っている
過去に病気を起因とする気絶をしたことがある
過去、免許取り消しなどの処分を受けたことがある
何らかの実刑判決を受けたことがある
とかみたいな普通なら、全部いいえにチェックして署名するだけの紙があったような気がする。

指導していると，言われなくてもわかりますね。
卒業証明書がどのように活用されるかはお任せします。
指定自動車教習所としては、メリットもデメリットもなく、1年間は気をつけてくれよ、と思う程度です。

元指導員です。
伝えたところで何かある訳でも無いです。運転経験のある人は指導員もすぐ分かりますし、分かったから何と言う話でも無いですし。
ある程度年齢を重ねている時点で訳アリは察します。んで乗って準備する段階で「免取やな」ってすぐ分かります。その時の指導員の気持ちはこうです↓
「楽やけど暇やな」

あえて言わなくても年齢と運転レベルで分かると思いますよ。