福祉タクシーを開業するため、普通二種免許（AT）取得のため、教習所に入校

福祉タクシーを開業するため、普通二種免許（AT）取得のため、教習所に入校しました。
教育訓練給付金を活用する予定で書類を提出したのですが、教習所から後になってATだと給付金の対象から外れると言われました。
正直マニュアルの免許は不要でできる限り早くとりたいのですが、20%、金額にして約4万円がおしいです。
ATとMTでは取得難易度にどれほどの差がありますか？
また、ATだと給付金の対象から外れるなんてことはあるのでしょうか？

厚生省の一般教育訓練給付金対象講座一覧には「普通自動車第二種免許」としか書かれてないですね。そのまま読めばAT限定はダメかもしれませんね。

難易度なんて特に変わりません。クラッチがあるかどうだけなんで、そもそも質問者さんは普通免許は限定解除されてるんでしょうか？