本免に落ちたのですが返してもらった書類に運転免許本試験手数料証

本免に落ちたのですが返してもらった書類に運転免許本試験手数料証紙ちょう付書がありませんでした。
次回窓口に行く時にお金を払えばもらえるのでしょうか？

「試験手数料証紙」でしょ？
名前から推測するに、毎回試験を受けるたびに支払う手数料の支払いです。
次回行ったときにもらえるはずです。

申請書を返して貰う時に、運転免許技能試験(審査)通知書の所に証紙を貼る欄があると思いますので、次回はそちらに貼り付けます。
証紙購入窓口で手数料の証紙を購入しましょう。
試験手数料:2100円
交付手数料:2100円
合計:4200円
平成24年4月1日以降に手数料が改定します。
試験手数料:1800円
交付手数料:2050円
合計:3850円

返ってきたのは恐らく教習所を卒業の際に作成された「運転免許申請書」の複写の部分だと思います。
申請書の上の部分（証紙を張った所）は試験毎に回収されます。
再度同じ試験を受ける為には1回目と同様の申請書を作成しなければなりません。申請書は無料です。
記入内容は日付以外は1回目と全く同じにします。写真は新しい物or再利用で。
申請書作りに慣れる前に合格しちゃって下さい。がんばって。

本試験の費用は、試験手数料で2,100円、交付手数料で2,100円になります。学科試験に不合格になれば交付手数料の2,100円は不要ですので、次回の試験を受けるときにも試験手数料で2,100円が必要になります。
試験手数料は現金ではなく証紙を運転免許試験申請書に貼付して支払いますので、証紙を再度購入する必要があります。