自動車学校で普通自動車の運転免許取得のために勉強しています。第2段階

自動車学校で普通自動車の運転免許取得のために勉強しています。
第2段階の卒業検定で、技能で合格して学科試験では不合格になった場合、
次回の卒検を受けるときは、学科試験だけ受けるのでいいのですか？

おいおい、回答者のみなさんしっかりしてよ…
教習所では学科は効果測定までで、あとは実技の検定だけです。それで合格すると卒業証明書が発行されるので、お住まいの県の運転免許試験場（免許センターといった名称になっているところも多いです）にそれを持っていって学科試験を受けます。
お住まいと同じ都道府県の教習所なら、申請書の代筆までしてくれます。別の都道府県の場合でも「~~県 運転免許」で検索すればすぐ分かります。

delmonta_iijimaさんの意見にあるように卒検に学科試験はありません。

そうです。
その場合学科の試験料金だけ払い学科のみを受けることになります。

はい。そうです。学科試験だけです。