マニュアル車って減速するときに、例えばギア3から2、1、Nと落と

マニュアル車って減速するときに、例えばギア3から2、1、Nと落とすと思うんですが、3からNに一気に落としても大丈夫なんでしょうか。

大丈夫なんですが、教習生なら基本をしっかり。
3速のままブレーキを踏んで、エンスト領域より前にクラッチを踏んで、停止する。ニュートラルにするのは停止してからでないと教官には怒られるはずです。

走行減速中のNはありえません。エンジンからの動力がタイヤに伝わらなくなるので車の挙動不安定を招きます。
1もかなり急な下り坂での徐行のためのエンジンブレーキ、でもなければ走行減速中には入れませんね。ガクンと衝撃来ますので。
信号の停止でしたら、ギア3のままブレーキで減速、止まる直前あたりでクラッチ切って(左足踏み込んで）そのまま停止。
エンジンブレーキを使いたいのなら、3→2にシフトダウン、ギア2のままブレーキで減速以下同じ
そしてブレーキ踏んだままクラッチは切ったままで、停止後にギア1に入れて次の発進に備えておきます。
運転関係なくての3→Nへのギアチェンジ自体は、機構的には何の問題もありません。

減速時にローギアに落とす事はほとんどありません。サードからニュートラルにする事は大丈夫です。

これは教習所の話ですか？
走行中にNにしたら惰力走行で減点されます。

基本を無視して言うと、
乗り心地最優先。
遠くに赤信号が見えたら、
4から外してNに入れる。
この時、クラッチを踏まない。
外すだけだと、クラッチは不要。
後は、惰性で車を転がす。
空気抵抗で減速するから、
適当にフットブレーキで停まる。
減速途中で青信号に変わったら、
その時の速度に応じて、入れるギアを選ぶ。
そこそこ速度が速ければ、
クラッチを踏んで3に入れて加速する。
こういう運転だと、燃費の節約になる。

いいわけが無い。