違反１２点にて普通二種免許取消後1年経過取消処分者講習受講済み６月に

違反１２点にて普通二種免許取消後1年経過 取消処分者講習受講済み ６月に普通一種免許を合宿にて受験予定 合格したら
普通二種免許を7月に受験予定（受験に必要な運転経歴書は取得済み）
上記の場合は普通二種免許取得後違反し場合３点以上の初心者運転講習は消滅、対象と成らない、と成っていますが
違反何点で停止処分と成るのでしょうか？ 違反表で見ると前歴１回と成るのでしょうか？

累積12点で、免許取消ということは、この時点で前歴1回以上があった、ということですよね…前歴1回の12点で取消、欠格の1年が明けて、再取得。質問者さんの場合、新たに免許を取得した時点で前歴2回からのスタートになると思います。
前歴2回だと、累積2点で90日、3点で120日、4点で150日の免停処分。5点で取消対象となっていきます。初心者講習は、行政処分とは別にカウントされるので、一緒に考えるとややこしくなります。

累積12点で欠格期間1年の免許取消しとなったということは、前歴1回で累積12点になったということだと思います。
免許取消しを受けた人が再取得した場合は、前歴1回の0点でスタートとなります。したがって、累積4点以上で免停、累積10点以上で免許取消しとなります。
逆に、普通一種免許を取得した日から１年間無事故・無違反で過ごせられれば前歴なしの0点のきれいな状態になります。