今免許停止期間が終わり、明日初心者運転講習に行きます。ただ、まだ

今免許停止期間が終わり、明日初心者運転講習に行きます。
ただ、まだ運転免許が警察署に預けたままです。
取りに行かなくても初心者運転講習出来ますか？
補足今から取りに行っても大丈夫ですかね？

受けられないかもしれない可能性が非常に高いですね。
おそらく、初心者運転講習の受講記録が免許証の裏に記載されるはずです。
裏書ができないからという理由で拒否されても文句は言えないかもしれないですね。
補足
午後九時過ぎてからですか？
こんな時間から警察署に行ったところで当直の警察官しかいません。
そして、事務的に
『現在、担当の者がいないので明日の朝で8時半以降に出直してください』
と言われておしまいです。

受講できません。
初心運転者講習のカリキュラムには路上運転があります。免許証が手元にない状態で車を運転すると免許証不携帯の違反になりますので、免許証を持参していなければ初心運転者講習は拒否されます。
講習の通知に当日は必ず免許証を持参ください、との記述があるはずですが。記述がなくても免許証がなければカリキュラムをこなせないので、受講は拒否されて後日に再設定となります。