普通自動車の運転免許についての質問です。 - 免許合宿に入校したとき注

普通自動車の運転免許についての質問です。
免許合宿に入校したとき注意されたのですが、数年前に取得した原付の免許証は、[本籍]が実家のある「熊本県」・[住所]が一人暮らしをしている「東京都」になっています。
そして、住民票はまだ移動していないので[本籍]と[住所]共に実家のある「熊本県」になっています。
原付免許の住所は更新の際に公共料金の支払い証明で変更することができたのですが、住民票が東京都に無かったり、住民票と免許証の内容に(本籍と住所)違いがあったりすると東京都で運転免許の学科試験を受けることはできないのでしょうか？

東京都で受験可能です。
既に運転免許を所持している人が新たな免許を取得するために学科試験を受験する場合には、運転免許証住所の都道府県が受験場所となります。
合宿免許ではその教習所がICチップの本籍地情報を読み取る装置を設置できていなかったために、本籍地を証明するものとして住民票の写し（以下、住民票と省略）をお持ちになったのだと思いますが、警察署でプリントアウトできる記載印字票をというものを持っていけば住民票を出さずに済む教習所もありますし、たまたま住民票を出して住所が免許証と異なっていたので指摘したくなったのでしょう？
住民票の提出は初めて免許を取得する場合に限り、新しい免許を追加するために学科試験を受ける際には、提出する必要がありませんので、どこで住民登録をしているかに関係なく、運転免許証住所の東京都での受験となります。
以下、余談です。
学生であっても生活の本拠が東京にある場合には、東京で住民登録をすべきものですが、頻繁に帰省し、東京は大学へ通うために寝泊りをする場所とすれば、生活の本拠は熊本にあるという考え方もできます。
例えば、既に何年も東京にいるのに、今となって住民登録を行うと、今までも生活の本拠は東京にあったということを認めてしまうことになり、住民基本台帳法違反過料事件として、裁判所から過料金~千円を納付しろと通知が来ることがあります。
したがって、住民登録をどうすべきと私からは助言しませんので、ご自身でお調べになってお考えください。
add1250さん
既に免許を所持している場合には住民票の提出が必要ないので、試験場の人は受験者がどこで住民登録をしているのか知ることができないよ？

東京都で受けられる。
と言うより、東京都以外では受けられない。
理由はすでに出ているので割愛。

結論を言いますと、
現状では、東京都で運転免許試験を受験できません。
熊本県で受験することになります。

運転免許試験は住民登録している（住民票のある）都道府県でのみ受験可能です。
質問者様の場合、熊本県でのみ受験できます。
あくまで住民票の住所よって決まるのであって、本籍は関係ありません。
なお、公安委員会指定の自動車学校を卒業した場合、その卒業証明書は1年間、国内どこでも有効です。

あなたの場合、
１ 夏休みに熊本県へ帰省して運転免許試験を受験する。
２ まず、住民票を東京都（現住所）に移して、東京都で運転免許試験を受験する。
上記２通りのいずれかの方法を選択することになります。